由于未完成2012年度污染物减排任务，中石油、中石化被认定为未通过年度考核。环境保护部决定对两家集团公司炼化行业新改扩建设项目实行环评限批。考核结果显示，2012年度，中石油化学需氧量同比下降0.08%，未完成0.6%的年度目标；中石化氮氧化物排放量上升1.28%，未完成零增长的年度目标。
由于未完成2012年度污染物减排任务，中石油、中石化被认定为未通过年度考核。环境保护部决定对两家集团公司炼化行业新改扩建设项目实行环评限批。考核结果显示，2012年度，中石油化学需氧量同比下降0.08%，未完成0.6%的年度目标；中石化氮氧化物排放量上升1.28%，未完成零增长的年度目标。
2011年度减排考核中，中石油、中石化未完成当年减排任务，因考核办法尚未出台，未对两家集团公司实施环评阶段性限批等处罚措施，但由环境保护部领导约谈了集团公司负责人，要求进一步采取有效措施，切实加大工作力度。
2012年，两家集团公司启动了大规模的减排工作部署、项目安排和资金投入，但现场核查表明，两家集团公司减排工程措施建设和运行仍然明显滞后，多个国家目标责任书项目未完成，突出表现在以下几个方面：
一是减排工程措施建设明显滞后。中石油共有115台燃煤锅炉，其中1/3（38台）未安装脱硫设施，没有一台安装脱硝设施，38套催化裂化装置中，仅两套安装脱硫设施；中石化共有174台燃煤锅炉，约40%（69台）未安装脱硫设施，仅有4台安装脱硝设施，49套催化裂化装置中，仅有5套安装脱硫设施。
二是治污工程工艺落后，运行效果差。中石油安装脱硫设施的77台锅炉中，采用脱硫效率达到90%以上的石灰—石膏法的仅有11台，其余均为效率不足70%的简易方法；中石化安装脱硫设施的105台锅炉中，仅有34台为石灰—石膏法，有的企业一台锅炉一种脱硫方法。新修订的火电厂大气污染物排放标准已于2011年颁布，其中现有燃煤锅炉要求执行新标准的时间是2014年7月1日，两家石油集团的自备燃煤电站锅炉脱硫设施目前几乎全部不能实现达标排放。污水处理设施除后期建设的外，普遍存在工艺简单、方法落后的问题，而提标改造工程进展缓慢。
三是环境管理水平参差不齐。集团公司非常重视环保，尤其是污染减排工作，但企业层次的环境问题较多。如中石化巴陵分公司化学需氧量常年超标排放，长岭分公司氨氮超标16倍，湛江东兴公司生产污水通过雨水系统直排，新中美公司擅自拆除废水处理装置并通过自来水管稀释排放，洛阳石化、安庆石化分公司锅炉烟气长期超标排放；中石油多家公司硫磺回收装置不能正常运行，甚至个别企业在线监测系统数据弄虚作假。
这些事实反映了两家石油集团在环境保护，尤其是污染减排工作方面的欠账。两家石油集团炼油产能的48%集中在京津冀鲁、长三角、珠三角大气复合污染严重的地区，下属企业污水排放和炉窑大气污染物排放标准还在执行17年前的标准（如二氧化硫为950～1200mg/m3，而电力、钢铁行业已执行100～200 mg/m3），水污染物排放浓度（化学需氧量和氨氮）是美国的3倍以上，二氧化硫是美国的8倍以上，导致每炼制1吨原油二氧化硫排放量（1.76公斤/吨油）是美国（0.15公斤/吨油）的11.7倍，氮氧化物排放量（1.23公斤/吨油）是美国（0.47公斤/吨油）的2.6倍。而两家石油集团下属的在海外7个国家的7个炼油业，产能共计6650万吨，吨油污染物排放量处于世界领先水平。
国家要求两家石油集团“十二五”期间氨氮和氮氧化物排放量均下降8%，化学需氧量和二氧化硫均下降10%。但截至2012年底，中石油氮氧化物排放量不但未降，反而增加了8.27%，氨氮仅下降0.04%，化学需氧量下降0.53%，二氧化硫下降4.31%；中石化氮氧化物增加2.52%，氨氮下降2.1%，化学需氧量下降2.3%，二氧化硫下降6.0%，减排任务完成量远远落后于时间进度，也远远落后于全国各省的减排进度。
环境保护部严格落实《“十二五”主要污染物总量减排考核办法》，对两家石油集团采取的限批措施，是针对炼油板块的新改扩建设项目，不涉及2012年底已经建成的4.18亿吨炼油能力，也不涉及全国的5.75亿吨炼油能力；对在建的3950万吨/年的能力没有影响，既不会影响目前约6亿吨的全国炼油能力以供应油品，更不会影响到炼油板块以外的项目。限批只对正准备或已经报送环境影响评价文件的部分拟上项目，产生一定的影响。
两家石油集团虽然各有一项污染物没有完成2012年度减排目标，但在环保方面确实投入很大。通过2012年的约谈和今年的现场核查，两家集团针对发现的问题均迅速行动，制定整改措施。中石油提出“把环保装置当生产装置一样管理，把排污总量当生产产品一样调度”，已安排投资76亿元用于“十二五”污染减排；中石化计划投资200多亿元开展大规模、高标准治污设施建设和改造。